瞭解基因如何被調控，分析轉錄因子（transcription factors）是非常重要的。轉錄因子為基因表現的調控因子，會辨認序列的基因啟動子（promoter），以便在適當的時機開啟基因表現，並控制基因表現的程度。轉錄因子與DNA之間的交互作用控制很多重要的生理反應，生物資訊方法應用在表達基因表現的數據，基因組序列和互相作用並建構調控網路模型，並通過統計或演算法分析網路模型的性質及結構。